Tiền thân của Công ty Cổ phần xây dựng 47 là Công ty xây dựng thủy lợi 7 được thành lập ngày 08/09/1975 theo Quyết định số 888 QĐ/TCCB của Bộ thuỷ lợi, trên cơ sở Đội thi công cơ giới khu V, với nhiệm vụ xây dựng các công trình thủy lợi phục vụ nông nghiệp, dân sinh kinh tế cho các tỉnh miền Trung và Tây Nguyên.
Ngày 15/3/1993 Bộ thuỷ lợi ra Quyết định số 108 QĐ/TCCB-LĐ về việc thành lập lại Doanh nghiệp nhà nước Công ty xây dựng thuỷ lợi 7 trực thuộc Bộ thuỷ lợi.
Ngày 03/02/1996 Công ty Xây dựng thủy lợi 7 được sát nhập vào Tổng Công ty Xây dựng 4 và đổi tên thành Công ty Xây dựng 47 theo quyết định số 119NN-TCCB/QĐ của Bộ Nông nghiệp & PTNT.
Ngày 12/01/1999 Bộ Nông nghiệp & PTNT có Quyết định số 07/1999/QĐ/BNN-TCCB chuyển công ty xây dựng 47 thành viên của Tổng công ty xây dựng 4, thành Doanh nghiệp Nhà nước độc lập, trực thuộc Bộ Nông nghiệp và PTNT.
Thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước về đổi mới và sắp xếp lại các Doanh nghiệp nhà nước, ngày 01/07/2005 công ty đã chính thức chuyển cơ chế hoạt động từ Doanh nghiệp nhà nước (Công ty xây dựng 47) thành (Công ty cổ phần xây dựng 47) theo quyết định số 4411QĐ/BNN-TCCB ngày 08/12/2004 của Bộ Nông nghiệp & PTNT, với 51% phần vốn của Nhà nước và 49% vốn của CBCNV trong công ty.
Ngày 30/03/2011, Công ty Cổ phần Xây dựng 47 (mã C47) chính thức giao dịch phiên đầu tiên tại Sở Giao dịch Chứng khoán TP. Hồ Chí Minh.
Hiện nay, Công ty Cổ phần Xây dựng 47 là một trong những đơn vị hàng đầu cả nước trong lĩnh vực thi công các công trình thủy lợi, thủy điện.